龙海九龙江口红树林省级自然保护区地理位置为东经117°54′11″-117°56′02″，北纬24°23′33″-24°27′38″，位于九龙江入海口的滩涂潮间带，与厦门隔海相望，是以保护红树林生态系统和濒危动物物种为主要保护对象的湿地类型自然保护区。

主要保护对象为红树林生态系统、濒危野生动植物物种和湿地鸟类等，属海洋与海岸生态系统类型（湿地类型）自然保护区。

气候

保护区属南亚热带海洋性季风气候，暖热湿润，雨量充沛，干、湿季分明，多年平均气温21.1℃，无霜期328天，年日照时数为2223.82小时，年均有雾日数14天，年降水量1371.9毫升，降水多在4～9月。年平均4次台风。

地质地貌

九龙江河口湿地是九龙江流域多年沉积形成的大片滩涂，区内土壤主要是滨海盐土。九龙江是北溪和西溪两个河系的共称。九龙江河口上段分为北港、中港和南港。下段是咸水区域，盐度相对比较高，保护区的甘文位于北港和中港汇流处，大涂洲位于南港出口与海门岛之间，浮宫片位于南港与南溪汇流处，三片都属于海水和淡水交汇区域。九龙江河口属径流与潮流相互作用的强潮海区。九龙江河口湾泥沙主要来源于河流输沙和潮流输沙，年平均输沙量为246.1万吨。由于大量泥沙入海，九龙江滩涂面积平均每年增加1.8k平方千米。

植物

维管束植物有54科107属134种，其中红树植物有5科7属10种。植被类型有红树林、滨海盐沼、滨海沙生植被3个植被型，秋茄林、秋茄+桐花树林、芦苇盐沼、短叶茳芏盐沼、互花米草盐沼、苦郎树群落、鸡矢藤群落等7个群系。分布面积广大的红树植物是主要植物资源。

动物

野生脊椎动物有21目54科212种，其中兽类3目3科6种、鸟类16目40科181种、爬行类1目6 科17种、两栖类1目5科8种。列入国家重点保护的野生动物有卷羽鹈鹕、褐鲣鸟、海鸬鹚、黄嘴白鹭、黑脸琵鹭、黑翅鸢、普通鵟、鹗、小杓鹬、小青脚鹬、褐翅鸦鹃、草鸮等29种。其中属中日两国政府协定保护候鸟有96种，中澳两国政府协定保护候鸟有52种。此外，保护区还有众多的水生生物资源，包括潮间带生物231种、浮游植物93种、浮游动物60种、鱼类129种、甲壳类36种。

保护区独特的地理位置和丰富的生物多样性，长期以来受到了厦门大学、国家海洋三所等有关高等院校、科研机构和专家学者的关注，开展了多方面的科学考察与交流活动，取得许多研究成果。截至2011年，共接待前来考察、研究、教学实习的专家、学者、大中专学生及青少年夏令营近5000人次，并成为厦门大学重要的教学基地，发挥了自然保护区作为科研、科教培训和科普基地的功能和作用。