上海长江口中华鲟湿地自然保护区位于上海市崇明县长江口，北起八滧港，南起奚家港，，中心点距离上海市中心直线距离约78km，包括由崇明东滩已围垦的外围大堤与吴淞标高5米等深线围成的水域。保护区总面积576平方公里，其中核心区276平方公里，缓冲区和实验区300平方公里。总面积27,600公顷，以中华鲟及其赖以栖息生存的自然生态环境为主要保护对象，是是中华鲟集中产卵及幼鱼生长的水域，也是其他鱼类洄游的重要通道和索饵产卵的重要场所。

上海长江口中华鲟自然保护区（简称中华鲟保护区）世界上最大的河口湿地之一，也是中国为数不多和较为典型的咸淡水河口湿地。符合《湿地公约》国际重要湿地指定标准的2、4、7、8。2003年成立上海市长江口中华鲟省级自然保护区，2008年被列入《国际重要湿地名录》。

动物

中华鲟保护区内的动物主要有鱼类、节肢动物、软体动物、腔肠动物、环节动物和哺乳动物。共监测到鱼类332种，隶属于106科，其中软骨鱼类16科34种，占长江河口鱼类总数的10.2%，硬骨鱼类计90科298种，占长江河口鱼类数的89.8%；节肢动物17种；软体动物9种；腔肠动物3种；环节动物5种；棘皮动物1种。保护区是中华鲟等鱼类的庇护场所。

植物

湿地内植物以浮游植物为主，记录到68属132种，其中硅藻37属93种，占总种数70.5%；绿藻17属20种，占总种数15.2%；甲藻、蓝藻、黄藻和裸藻种类相对较少。浮游植物的密度达222.42万个/m3。

中华鲟保护区地处亚热带季风气候区，冬温夏热、四季分明，降水丰沛且季节分配比较均匀。年平均气温15.5～15.8℃，年均日照时数1800～2000h，无霜期254天，年平均降水量1083mm，年平均湿度80%，年均蒸发量1300～1500mm，年均雾日50天以上，年平均风速3.7m/s。

中华鲟保护区地处长江入海口，东临大海，西接长江，水量充沛、恒定；属于中潮岸带，是长江口北港和北支水道落潮流和崇明岛影区缓流的堆积地貌区，属涨势向东和向北的淤涨岸，主要为潮下滩。底质主要有细沙、粉沙质细沙、细沙质粉沙、粉沙和黏土质粉沙等多种类型。土壤多为沙质土，可以分为滨海盐土类和潮土类两大类型。

中华鲟保护区主要受长江径流、潮汐、和风暴潮控制，属非正规半日浅海潮，多年平均潮差2.43～3.08m，最大涨潮差4.62m，最大落潮差4.85m，水深5m以内，年均水温17.01～17.4℃，8月最高，平均水温5.6～6.7℃，波浪以风浪为主，涌浪次之。水体营养物质丰富，水质良好，pH6.57～8.38，盐度0.535%～1.179%，DO含量6.63～10.09mg/L，COD为1.22～2.78mg/L，无机氮0.067～0.272mg/L。多年平均径流量约9600多亿m3，仅次于亚马逊河和刚果河，居世界第三位。

中华鲟保护区既是濒危物种中华鲟幼鱼唯一的“幼儿园”，又是中华鲟产卵亲体特有的“待产房”和“产后护理场所”；是中华鲟生命周期中数量最集中、栖息时间最长、顺利完成各项生理调整的天然场所，也是种群最易受到伤害的场所，同时也是其他鱼类洄游的重要通道和索饵产卵的重要场所，是全球重要的生态敏感区，有着很高的保护价值。