1983年省政府批准建立《大亚湾水产资源自然保护区》，保护区范围涉及惠州、深圳共900平方公里海区。保护区综合管理的行政主体是大亚湾水产资源省级自然保护区管理处，于2002年4月由省编办〔2002〕61号文批准成立广东省海洋与渔业局直属的副处级事业单位，由惠州市海洋与渔业局管理。

大亚湾自然保护区的功能区划自然保护区是实现可持续利用自然资源的示范点，为了加强对大亚湾自然资源的保护，突出重点，有利于贯彻《中华人民共和国自然保护区条例》、《海洋自然保护区管理办法》和《水生动植物自然保护区管理办法》，根据历年水产资源调查积累的有关资料，按照我国自然保护区的功能区划原则，把“大亚湾水产资源自然保护区”划分为核心区、缓冲区和实验区三个功能区。划分功能区是加强对保护区管理的有力措施之一。由于保护对象在自然保护区内的资源分布是不均匀的，各区域的资源结构存在一定的差异。为了更好地达到保护的目的，把保护区划分为各类功能区是必要的。区划的指导思想是突出重点，提高管理效果。区划的基本原则是根据保护对象在各区域的资源丰盛度。根据大亚湾水产资源的分布特点，把整个大亚湾自然保护区划分为四个核心区，其余区域分别划为缓冲区和实验区。

（一）、核心区：总面积为118平方公里，区域内生态资源保存较好、分布集中的地区，禁止任何单位和个人在其范围内进行一切可能对保护区造成危害或不良影响的活动。因科学研究的需要，必须进入核心区从事科学研究观测、调查活动的，须事先向自然保护区管理机构提交申请和活动计划，并报省主管部门批准。1、中部核心区是指大亚湾中部群岛区（中央列岛和辣甲列岛），面积为59.8平方公里，水质目标为（GB3097-1997）第一类。岛屿周围的底质以岩礁质为主，水体与外海交换良好，生态环境较稳定，栖息生物种类丰富多样。它是大亚湾多种经济种类赖以栖息、生长、索饵、繁殖的重要水域，也是优良的鲷苗生产区、鱼虾类增殖区、珍贵贝类等的护养增殖区。主要保护种类有：马氏珍珠贝、企鹅珍珠贝华贵栉孔扇贝、翡翠贻贝、栉江珧、半扭蚶、毛蚶、胀毛蚶、假奈拟塔螺、塔型马蹄螺、带凤螺、管角螺、方斑东风螺、泥东风螺、菲律宾蛤仔、草莓海菊蛤、波纹巴非蛤、嵘螺、咬齿牡蛎、团聚牡蛎、杂色鲍、多变鲍、海萝、鹿角沙菜、羊栖菜、半叶马尾藻、瓦氏马尾藻、紫海胆、对虾、赤虾、大亚湾梭子蟹、三疣梭子蟹、红星梭子蟹、口虾蛄、杜氏枪乌贼、真鲷、黑鲷、平鲷、黄鳍鲷、二长棘鲷、赤点石斑、鲑点石斑、青石斑、康氏马鲛、斑点马鲛、银鲳、灰鲳、乌鲳、斑鰶、中华小沙丁鱼、裘氏小沙丁鱼、丽叶鲹、蓝圆鲹、竹荚鱼、羽锶鲐、海岛周围的浅水石珊瑚。2、西北部核心区位于大亚湾的西北部海域（哑铃湾水域），面积为26.5平方公里，水质目标为（GB3097-1997）第一类。该核心区地势较平缓，底质多为泥沙，有的是石砾或沙滩，水深2～6米，滩涂以细沙质为主，岛屿众多，沿岸没有大的径流注入，海水盐度稳定，海水水质符合我国《渔业水质标准》要求，初、次级生产力丰富，生态环境十分适于海洋生物繁殖、栖息生长。主要保护对象：马氏珠母贝和多种名贵经济种类及栖息的海洋生态环境。3、西南部核心区位于大鹏澳东南岸和高山角之间小面积海区，以22º34′12″N、114º32′50″E与22º32′42″N、114º36′16″E连线和南面岸线包围的水域，面积为6.8平方公里，水质目标为（GB3097-1997）第一类。主要保护对象：马氏珠母贝、紫海胆、华贵栉孔扇贝、翡翠贻贝、栉江珧、旗江珧、棕环参、米氏参、糙参、海马以及鲷科鱼类等重要经济种类。4、南部核心区是指沱泞列岛周围20米等深线以内的水域，面积为24.9平方公里，水质目标为（GB3097-1997）第一类。主要保护对象：紫海胆、龙虾、鲍鱼等名贵经济种类的自然资源及海洋生态环境。

（二）、缓冲区：缓冲区内，在保护对象不遭受人为破坏和污染前提下，经保护区管理机构批准，可在限定时间和范围内适当进行渔业生产、观光性旅游、科学研究、教学实习等活动。缓冲区包括了南部缓冲区和中西部缓冲区，水质目标分别为（GB3097-1997）第一类和第二类，面积共174.5平方公里。

（三）、实验区：在保护区管理机构统一规划和指导下，可有计划地进行适度开发活动。实验区包括了北部实验区和南部实验区，水质目标分别为（GB3097-1997）第二类和第一类，面积共594.9平方公里。

大亚湾自然保护区的建立，将有效的保护区域内的野生动植物及其赖以生存的栖息环境；有效保护自然资源与环境，以及生物多样性；有助于保留自然本底、储备物种，维护自然生态平衡。我处努力开展保护区的建设，树立牢固全面、协调可持续的科学发展观，制定相应的管理规定，建立保护区专业信息系统，对海区的环境与资源实施动态管理；开展保护区建设，进一步完善大亚湾水产资源自然保护区的功能，促进大亚湾生态渔业的研究；开展保护区建设，使陆地与海洋环境保护相协调；开展保护区建设，最大限度地保护发展生产力的资源、保护可持续发展的资源基础、维护自然生态平衡，倡导人与自然和谐相处的时代精神，营造蓝色生态体系。实施大亚湾自然保护区建设，对维护海洋生态安全、促进我市乃至我省国民经济可持续发展，确保率先基本实现现代化的长远目标具有重大的战略意义。