厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区位于福建省厦门市海域，总面积33088公顷。2000年4月4日经国务院办公厅正式批准设立，该保护区是在厦门市政府1991年批准建立的厦门文昌鱼保护区、福建省政府1995年批准设立的白鹭保护区和1997年批准设立的中华白海豚保护区基础上合并建立的。为保护珍稀海洋物种设立的国家级自然保护区，保护的主要物种有：文昌鱼、中华白海豚和各种白鹭等。

保护区保护12种珍稀物种及其生境，分别是国家一级保护动物中华白海豚，国家二级保护动物文昌鱼、黄嘴白鹭和岩鹭，以及（小）白鹭、大白鹭、中白鹭、夜鹭、池鹭、中背鹭、苍鹭和小杓鹬等8种鸟。其中有6种是国际双边候鸟协定的物种；白鹭是厦门市鸟，也是原来的省级保护动物。

保护区是国家一级重点保护野生动物中华白海豚的两个主要分布区之一，现有种群数量约40头左右，但种群结构尚能保证其繁衍后代，具有极为重要的保护价值和研究价值。保护区还是国家二级重点保护生动物文昌鱼的主要产地之一，文昌鱼是无脊椎动物和脊椎动物间的代表类群，在动物进化研究和动物学教学方面具有重要的意义。此外，区内大屿岛，鸡屿等岛屿上还分布有黄嘴白鹭、岩鹭、白鹭等10种滨海鸟类，种群数量近3万只，并为黄嘴白鹭的模式种产地。

文昌鱼

文昌鱼属国家二级保护动物，厦门文昌鱼体型细长，两端尖，外形似鱼但不是鱼，身体侧扁，半透明。由于它在进化系统中位于无脊椎动物到脊椎动物的过渡类型典型代表，是五亿年前脊椎动物的始祖，素有“活化石”之称，是研究动物进化的一种珍贵材料。同时也是营养价值很高的海珍品。厦门的刘五店鳄鱼岛附近曾流传着一个传说；古代，文昌皇帝骑着鳄鱼过海时，在鳄鱼口里掉下许多小蛆，当这批小蛆落海之后，竞变成了许多象鱼样的动物，为纪念文昌帝君的缘故取名为“文昌鱼”。嗣后这些动物在那海域繁衍昌盛，当地渔民也以捕文昌鱼为生了。厦门是中国文昌鱼主要的传统产地，由于筑堤围垦，厦门刘五店海域的文昌鱼已濒临绝种。经调查，厦门岛东南面的黄厝附近海区和厦门与金门之间的一带海区，仍有丰富的文昌鱼资源。黄厝海区最高栖息密度达1050尾/平方米，最高生物量为26.3克/平方米。保护区位于118°09′～118°20′E，24°24.5′～24°37′N。保护区面积为53平方公里，为省级保护区。

白鹭

保护区范围包括大屿岛、鸡屿岛全部陆域和滩涂，保护对象包括岩鹭、中华白鹭(黄嘴白鹭)、大白鹭、中白鹭和小白鹭等及其赖以生息的环境。厦门市环境保护局负责保护区的综合管理工作，主要职能是贯彻执行相关的法律、法规，开展宣传工作；拟定保护规划，实施建设；组织监测，进行科学研究和考察；依法查处违法违规；表彰奖励保护有功人员。1995年11月，厦门市第十届人大常委会第十九次会议通过该保护区的管理办法，定为市级保护区。

白鹭隶属鸟纲鹳形目鹭科白鹭属，为世界珍稀鸟类，厦门地区竟分布有5种，也是中国记录的仅有的5种。1860年发现的中国白鹭新种，标本采集地就在厦门。白鹭在厦门各湿地环境均有分布，其中在西港沿岸的杏林湾至筼筜港一带较多。除具观赏价值外，白鹭在维护生态、科研、文化教育、旅游等方面都具有重要意义，是厦门的简称，也是厦门市市鸟。中华白鹭和岩鹭不仅是国家重点保护鸟类，也是世界性濒危绝种的物种。大白鹭和中白鹭则是中日候鸟保护协定中的保护鸟类。

厦门海洋珍惜物种黄嘴白鹭、岩鹭都是国家二级重点保护动物。黄嘴白鹭是国际濒危物种。岩鹭是中国11种高度濒危鸟类之一，在中国已难得一见，处于濒危状态。 厦门位于亚热带，海洋生物区系是西太平洋沿岸亚热带该养生物区系的典型。黄嘴白鹭是RobertSwinhoe（英）1860年在厦门采集到的新物种。厦门是黄嘴白鹭的模式种产地，在动物分类学上具有特殊的意义。在厦门东海岸（隔海与台湾的金门、澎湖岛相望）一带，近几年来所发现的岩鹭为灰黑羽色，与中国大陆其他地方及港台所见的岩鹭羽色相同，具有亚热带地区的代表性。

中华白海豚

中华白海豚是一种暖水性小型鲸类，分布在中国东南沿海，多栖息于近海港湾河口一带，以成双行动者居多，有时也会成群结队。20世纪60年代以前，厦门-鼓浪屿海峡一带有成群游动翻滚，其后踪迹罕见。中华白海豚身体修长呈纺锤型，喙突出狭长，生的白海豚约1米长，性成熟个体体长2.0~2.5m，最长达2.7m，体重200~250kg；背鳍突出，位于近中央处，呈后倾三角形；胸鳍较圆浑，基部较宽，运动极为灵活；尾鳍呈水平状，健壮有力，以中央缺刻分成左右对称的两叶，有利于其快速游泳。眼睛乌黑发亮，上、下颌的每侧都有32~36枚圆锥形的牙齿，齿列稀疏。吻部狭、尖而长，长度不到体长的十分之一。喙与额部之间被一道“V”形沟明显地隔开。

在国际自然保护同盟(IUCM)鲸类专家组主席Leatherwood建议下，该保护区于1997年8月成立，其时定为省级自然保护区，于1997年12月施行《厦门市中华白海豚保护规定》，保护示范区范围包括两个核心区，一是自第一码头与嵩屿连线以北至海堤，计3.5平方公里，二是同安湾口，即钟宅—刘五店—澳头—五通四连线内，计 2平方公里。

通过该自然保护区的设立，有利于文昌鱼、鹭鸟、中华白海豚等海洋珍稀生物的保护、研究、管理和开发，尤其中华白海豚是一种珍稀动物，属国家野生动物重点保护对象。除供观赏外，还具较高科研价值，如可为回声定位水下通讯导航、水中运动减阻等仿生学研究，提供有益启示。作为鲨鱼的天敌，海域中有中华白海豚存在，人们在水里可免遭鲨鱼侵害之患。保护区还是国家二级重点保护生动物文昌鱼的主要产地之一。