泉州湾河口湿地省级自然保护区以泉州湾河口为主体，涉及惠安县、洛江区、丰泽区、晋江市、石狮市，总面积7045公顷。泉州湾河口湿地自然保护区主要保护对象是滩涂湿地、红树林及其自然生态系统，中华白海豚、中华鲟、黄嘴白鹭、黑嘴鸥等一系列国家重点保护野生动物和中日、中澳候鸟保护协定的鸟类。该保护区属海洋与海岸生态系统类型（湿地类型）自然保护区

植物

该保护区内生物多样性丰富，已记录物种达1000多种，主要是广温、广盐沿岸广分布种。有浮游植物104种，其中硅藻86种、甲藻16种、蓝藻2种；浮游动物82种，其中水母类21种、毛颚类8种、枝角类2种、桡足类41种，十足类7种。底栖动物169种，其中甲壳动物55种，多毛类45种，软体动物41种，棘皮动物9种。已查明泉州湾有高等植物191种，隶属于143属51科，其中喜盐植物26种。海岸植被根据耐盐和控制盐分的方式分为拒盐植物、泌盐植物、聚盐植物和一般耐盐性植物。红树植物有秋茄、桐花树、白骨壤等。其中桐花树、白骨壤在此处为自然分布北限。

动物

泉州湾河口湿地省级自然保护区列入国家重点保护的野生动物有27种，其中有国家一级保护动物中华白海豚、中华鲟、3种，二级保护动物有黑脸琵鹭、黄嘴白鹭、伪虎鲸、宽吻海豚、江豚、绿海龟、玳瑁、棱皮龟、虎纹蛙、白氏文昌鱼等24种。列入CITES附录物种14种。中日协定保护候鸟25种，中澳协定保护候鸟18种。列入省重点保护野生动物22种。

泉州湾于1982年起引种互花米草，至今已对当地生态系统产生较大的负面影响，影响了红树林等乡土植物的生长，并影响到滩涂养殖和水流畅通。

福建泉州湾河口湿地省级自然保护区是中国重要湿地之一，是中国亚热带河口滩涂湿地的典型代表。1994年《中国生物多样性保护行动计划》的“中国优先保护生态系统项目”中被规划为优先项目。2000年被列入《中国湿地保护行动计划》的“中国重要湿地名录”。

建设泉州湾河口湿地公园，能够起到修复和保护河口湿地生态系统，形成独特的泉州湾湿地文化，解决周边居民劳动就业问题等多重效应，带动保护工作和沿岸经济的整体发展。