上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区位于低位冲积岛屿——崇明岛东端的崇明东滩的核心部分，面积约32,600公顷，约占上海市湿地总面积的7.8，主要保护对象为水鸟和湿地生态系统。在长江泥沙的淤积作用下，形成了大片淡水到微咸水的沼泽地、潮沟和潮间带滩涂。区内有众多的农田、鱼塘、蟹塘和芦苇塘，沼生植被繁茂，底栖动物丰富，是亚太地区春秋季节候鸟迁徙极好的停歇地和驿站，也是候鸟的重要越冬地，是世界为数不多的野生鸟类集居、栖息地之一。据有关资料表明，东滩有116种鸟，占中国鸟类总数的十分之一，尤其是国家二级保护动物小天鹅在东滩越冬数量曾达3000～3500只。还有来自澳大利亚、新西兰、日本等国过境栖息候鸟，总数达二三百万。

保护区主要由团结沙外滩、东旺沙外滩、北八滧外滩、潮间带滩涂湿地和河口水域组成，1998年经上海市人民政府批准建立，划分为核心区、缓冲区和实验区，其中核心区165.92平方公里、缓冲区10.7平方公里、试验区64.93平方公里。

上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区气候温和湿润，阳光充足，雨量充沛，拥有丰富的生物资源，四季分明，年均气温15.3℃，年降水量1022mm，无霜期达229天，既是鸟类良好的觅食、栖息场所，又是广大公众休闲、旅游和观鸟的好去处；同时也是生物学、地学、生态学、水产等学科教学实习场所对公众及中小学生进行生态环境保护教育、野生动植物保护教育和生物多样性保护教育的重要基地。

上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区具有丰富的鱼类、两栖爬行类、无脊椎动物资源和以芦苇、藨草群落为主的高生产量的植物资源。

截至2012年，在保护区可发现野生和人工栽培的高等植物122种，分属34个科，88属。其中菊科植物最多，有22种，禾本科植物14种，豆科植物10种。在水域中还有浮游植物59种，分属31属4门。

浮游植物

截至2012年，在崇明东滩鸟类自然保护区水域，调查鉴定出浮游植物4门31属59种。其中硅藻22属49种，甲藻3属4种，蓝藻4属4种，绿藻2属2种。硅藻的数量最多，其种类数占总种数的83.5%，数量占总数量的99.57%；甲藻占总种数的6.78%，其数量占总数量的0.13%；蓝藻占总种数的6.78%，其数量占总数量的0.01%；绿藻占总种数的3.39%，其数量占总数量的0.26%。

滩涂湿地植被

从滩涂的最低处，也是最外面开始，主要分布有盐渍藻类，藨草群落和芦苇群落。在高潮滩，主要生长有芦苇、糙叶苔草、互花米草。低潮滩生长有藨草、海三棱藨草。光泥滩上生长有盐渍藻类。

盐碱植被

在崇明东滩北部的1998大堤两侧，由于土地的盐碱度比较高，生长有碱蓬和碱菀群落，优势种是黎科的碱蓬，南方的碱蓬、藜、小藜数量较少，不能形成明显的群落。碱菀群落是东滩堤内的优势群落，有的与稀疏的芦苇混生。

中生性草本植被

截至2012年，约有100多种草本植物，以禾本科、菊科植物为主。其中主要的有草木犀群落、酸模群落、春飞蓬群落、加拿大一枝黄花群落和芦竹群落。

农业植被

截至2012年，已围垦的土地主要用于农业，种植有谷类作物、豆类作物、瓜类作物、叶菜类等作物。主要有水稻、玉米、大豆、花生、棉花、卷心菜、花菜、大白菜、西瓜、冬瓜、西兰花、大葱等农作物。

水生植物

崇明东滩鸟类自然保护区内有大面积的河沟，水中生长有芦苇、菰等常见挺水植物以及菹草、金鱼藻、眼子菜水生植物。这些植被对水质的净化有重要的作用。

果园和人工林

在保护区中还种植桃、梨、橘等果树，主要树木有水杉、柳杉、意大利杨、旱柳、夹竹桃、棕榈、楝树、刺槐、黄檀、朴树、杨树等树种，此外还有杜仲、无患子等药用植物。[3]

动物资源

截至2012年，动物资源由如下几类组成。

浮游动物

据夏季（2000年6～7月）对崇明东滩鸟类自然保护区水域的调查，共鉴定出浮游动物19种，其中以甲壳动物占绝对优势。其主要种类以低盐近岸生态类为主，其次为半咸水河口生态类型，也有少量的广温广盐生态类型的种类。低盐近岸生态类型，有虫肢歪水蚤、真刺唇角水蚤、长额刺糠虾和中华节糠虾、腹针胸刺水蚤等；半咸水河口生态类型，有华哲水蚤、火腿许水蚤和江湖独眼钩虾；少量的广温广盐生态类型如精致真刺水蚤、中华哲水蚤、微刺哲水蚤等。

底栖动物

截至2012年，东滩有底栖动物70多种。主要种类可分3类：软体动物、甲壳动物和环节动物。软体动物中的彩虹明樱蛤（俗称海瓜子），泥螺、溢蛏是三大美味海产品，有很高的经济价值。这些海产品主要分布在崇明东滩的V区，已经形成较大产量。甲壳动物中方蟹科的蟹类数量巨大，为鸟类提供丰富的食物。

昆虫

截至2012年，在保护区共收集到昆虫103种，隶属12目50科。其中直翅目：5总科17种；半翅目7科11种；蜻蜓目3科3种；鞘翅目10科25种；鳞翅目：14科29种；膜翅目4科4种；双翅目6科8种；革翅目1科1种；同翅目2科2种；脉翅目1科1种；蜚蠊目1科1种；螳螂目1科1种。

鱼类

截至2012年，在保护区水域已知分布有鱼类94种，为长江口鱼类（记载为117种）的80.34%。这些鱼类隶属14目34科，其中鲤科鱼类最多有24种，占25.53%；银鱼科8种，占8.51%；鳀科6种，占6.38%；鰕虎鱼科和鰕科均为5种，各占5.32%；鲱科、舌鳎科各4种，各占4.26%；其余各科的种类比较少，仅1～2种。

鸟类

崇明东滩记录的鸟类有290种，其中鹤类、鹭类、雁鸭类、鸻鹬类和鸥类是主要水鸟类群。已观察到的国家重点保护的一、二级鸟类共39种，占崇明东滩鸟类群落组成的15.06%，其中列入国家一级保护的鸟类4种，分别为东方白鹳（Ciconia boyciana）、黑鹳（Ciconia nigra）、白尾海雕（Haliaeetus albicilla）和白头鹤（Grus monacha）；列入国家二级保护的鸟类35种，如黑脸琵鹭（Platalea minor）、小青脚鹬（Tringa guttifer）、小天鹅（Cygnus columbianus）、鸳鸯（Aix galericulata）等。列入《中国濒危动物红皮书》的鸟类有20种。除此之外，保护区还记录中日候鸟及其栖息地保护协定的物种156种，中澳候鸟保护协定的物种54种。这些物种资源属于濒危鸟类就占鸟类总数的15%，有的则极其稀有（如黑脸琵鹭，种群数量极少，全球仅1500余只），大部分为洲际迁徙候鸟。

上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区的自然环境为各种生物提供了良好的生境条件。它位于东亚——澳大利亚候鸟迁徙路线的中间，是候鸟迁徙的重要驿站。每年的春秋季迁徙期，在此停歇的鸻鹬类数量达数十万只，同时有8种鸻鹬类在候鸟的保护上具有重要的国际意义。而每年冬天，数以万计的雁鸭类在此越冬。同时，崇明东滩也是珍稀濒危鸟类的重要栖息地，截至2010年，记录到的国家一级重点保护野生鸟类有4种，国家二级重点保护野生鸟类35种，有20种鸟类列入中国濒危动物红皮书。

不仅如此，崇明东滩及附近水域也是水生生物的产卵场所和洄游通道。中华绒螯蟹(俗称大闸蟹)在该区域产卵；日本鳗鲡的幼鱼则经过该水域进入长江开始溯河洄游；在长江中上游水域繁殖的中华鲟幼鱼在每年夏季进入崇明东滩附近水域肥育。因此，该区域对于水生生物完成其完整的生活史过程具有不可或缺的作用。

崇明东滩作为上海市最大的滩涂湿地，在调节气候、净化水质、抵御风暴潮等自然灾害方面发挥着不可低估的作用。其快速淤长的环境特征也为研究河口湿地生态系统的形成、发展、演替等过程提供了理想条件。