广东南澎列岛国家级自然保护区总面积35679公顷，其中核心区面积12581公顷，缓冲区面积11285公顷，实验区面积11813公顷。

南澎列岛自然保护区海域总面积35679公顷，分布于保护区内的海洋生物多达1308种，其中海洋脊椎动物314种。区内有国家Ⅰ、Ⅱ级保护动物17种及广东省重点保护动物8种。

大量的调查研究与统计分析显示，分布于南澎保护区海域的海洋生物达1308种，不仅是龙虾、石斑鱼、大黄鱼、紫菜、头足类、鲷科鱼类等海珍品和重要经济鱼类的繁殖和育肥场所，而且是中华白海豚、江豚、鹦鹉螺、海龟、黄唇鱼、海马等多种珍稀保护水生野生动物的洄游和栖息海域。此外，保护区内还分布有国家Ⅰ、Ⅱ级保护动物17种及广东省重点保护动物8种。

主要保护对象是：独特的海底自然地貌和近海典型海洋生态系统；重要珍稀濒危野生动物及其栖息地和重要水产种质资源及其生境；丰富的海洋生物多样性及复杂的生物群落。

南澎列岛自然保护区晋升为国家级，成为粤东首个海洋类型的国家级保护区，将进一步提高社会公众对海洋保护的关注力度，成为汕头市对外宣传与交流的又一重要窗口；同时也使保护区能获得国家层面更多的政策支持，更好地发挥保护区促进国民经济可持续发展的积极作用。

南澎列岛保护区区域内有南澎、中澎、顶澎、芹澎等众多岛屿和星罗棋布的礁岩。优越的地理位置和良好的气候水文条件，形成了南澎列岛海域丰富的海洋生物资源，为广东沿海最具有代表性的近海海洋生态系之一，已被划入联合国生态保护项目“中国南部沿海海洋生物多样性”(SCCBD)保护示范区核心部分