5月24日，在青海湖国家级自然保护区管理局局址所在地鸟岛，由中科院计算机网络中心、病毒所、遥感所和青海湖保护区管理局共同举办“中国科学院青海湖国家级自然保护区联合科研基地”揭牌仪式，标志着“中科院青海湖联合科研基地”正式挂牌成立。与此同时，在管理局办公楼内增设了网络监控与信息中心、整合动物学室、环境遥感室、野生动物疫源疫病监测室“三室一中心”，与青海湖保护区管理局联合办公和开展科学研究工作。

联合科研基地中国科学院方面参加单位有计算机网络信息中心、动物所、病毒研究所、微生物研究所等研究所。2005年5月初，青海湖爆发了我国第一例野生鸟类禽流感；同年8月，中科院相关院所初次与青海湖保护区管理局交流沟通，确定“禽流感预警预报系统”为中科院应用示范科研活动信息化(e-Science)的重大科技攻关项目，明确与青海湖保护区进行科研合作；12月，由中科院信息办与省林业局正式签署《合作框架协议书》，4个研究所也分别与青海湖保护区管理局签署了《合作协议》。此后的两年，一系列在青海湖的科研工作随之开展。2007年9月14日，中科院秘书长办公会正式批准在青海湖保护区建立“中国科学院青海湖国家级自然保护区联合科研基地”，确定了双方在生态环境、遥感、野生动物、野生动物疾病、野生动物保护、信息技术支撑等学科领域的合作，并在青海湖保护区管理局设置了网络监控与信息中心、整合动物学室、野生动物疫源疫病监测室、环境遥感室，初步构建了中科院跨学科、跨领域、开放集成的基于e-Science环境的科研平台。

三年多来，依据中科院的科研技术优势，青海湖保护区已开展和完成了青海湖科研基础数据平台、青海湖夏候鸟生态习性与评价监测、湖区植被样地调查、生物标本数字化整理与整合、“迁徙的鸟”科普项目、青海湖鸟类迁徙跟踪研究、普氏原羚种群栖息地调查研究、青海湖湖泊调查研究等一系列科研项目，以科技为支撑，极大地提升了青海湖自然资源和环境保护的科研管理水平。

今年，青海湖保护区管理局与中科院联合科研项目也已初步确定，将在青海湖保护区信息化基础设施建设基础上重点加强信息化应用系统建设、遥感信息、鸟类与禽流感病原生态研究等重大科研项目。

截止目前，“青海湖联合科研基地”除上述4所外，参加的还有中科院遥感所、湖泊所、寒旱所、技术与物理研究所、地球与环境研究所和西北高原生物研究所，新增了6所为联合科研基地的科研合作单位。

建立“青海湖科研基地”的战略意义是出于国家需求、科学问题和合作模式的探究。通过共建联合研究基地，加强了中科院与青海湖保护区的科研合作，为培养自然保护人才和实现保护区“保护、科研、旅游、社共共管”四位一体发展目标创建了院地合作的新型模式。