全球变暖、气候变干等自然因素直接对湿地进行肆虐，同时城市扩张、过度放牧、开采泥炭、挖沟排水等人类活动也强烈地摧残着脆弱的高原湿地，使得高原湿地生境恶化。在自然因素和人为因素的综合作用下，高原湿地退化现象日趋显著，高原湿地在痛苦地呻吟，为其当今的处境而悲泣。许多高原湿地的面积都呈缩减的趋势，尤其是泥炭沼泽湿地潜水位下降明显，有些泥炭沼泽湿地已经疏干，变成泥炭裸地；青藏高原湿地土壤已出现盐渍化现象，形成盐化泥炭土和盐化草甸沼泽土；湖泊湿地也呈现出矿化度升高、湖水退缩、地表出现盐霜的现象。仅青海湖湿地区，在 1987 ～ 2000年间湖体内外的水域已有 7810hm²变为了流动沙地，有 1550hm²沼泽变为了流动沙地，湖泊湿地荒漠化加快。蒙新高原的湖泊湿地萎缩、水质咸化趋势更为明显；云贵高原的许多湖泊还在遭受着严重的污染侵害。

黄河首曲湿地位于四川省西北部及甘肃省东南部的交界处，地处黄河上游、青藏高原的东侧，横跨四川省的若尔盖县、红原县、阿坝县、松潘县和甘肃省的玛曲县和碌曲县，总面积约 1600km²，平均海拔 3500m。黄河首曲湿地是黄河上游重要的水源涵养地，不仅对整个黄河流域水资源的调节起到关键作用，对当地的气候也起到重要的调节作用，也是中国最大的高原沼泽植被集中分布区，具有不可替代的生物多样性价值。但由于该区以牧业为主，人口的不断增长加大了放牧的力度，使该区草场严重超载，尤其在 20 世纪 70 年代，为了缓解草场的压力，对“环境恶劣”湿地进行了大规模的挖沟排水活动，将湿地改造为牧场，导致湿地大面积消亡。与以前相比，若尔盖地区野生动物种类和种群数量都明显减少；而草场植被不仅覆盖率下降，而且有毒有害植物不断增多，大部分草场的毒害草、杂草类由 20 世纪60 年代的 20％上升到目前的 70% ～ 80％；沼泽积水也明显减少，目前夏季沼泽水深多在 10 ～ 15cm，更多的沼泽仅呈过湿状态。尕海地区草地已不堪重负，不少地方已经裸露沙化，风吹沙起，而更多的地方也由过去的“风吹草低见牛羊”的美丽风光变成了“风吹草地见牛蹄”的惨景。昔日的大片沼泽地也变成了植被稀疏且草质很差的半干滩， 大部分山谷小溪彻底断流， 数千眼泉水干涸，大小湖泊水位明显下降。而中华鼢鼠、旱獭、野兔等动物的洞穴却如满天繁星， 不计其数， 使整个草地千疮百孔，满目疮痍，鼠虫害面积扩大又加快了湿地的水土流失。过去 50 年拉萨城市用地变化进程表明拉鲁湿地面积在 1959 年的湿地面积为 1000hm²左右，到 1965 年减至 864hm²，1999 年进一步缩减到 548.7hm²，减少了约 40％。199l ～ 1992 年，在拉鲁湿地修建的贯穿东西的中干渠造成湿地排水迅速，导致湿地旱化和沙化。在近 40 年来人为干扰下，植被群落由芦苇群落演替为小花灯心草—槽杆荸荠群落，植被高度由 1 ～1.2m 变为 0.1 ～ 0.2m。

退化中的若尔盖高原湿地(高俊琴摄)　 草场的破坏者—高原鼠兔(王启基摄)

曾被誉为“青藏高原生态环境的心脏”的青海湖，目前已经病入膏肓，危机重重。青海湖对青藏高原生态环境的“供血”功能失调，患严重“贫血”症。青海湖的水位自 1956 ～ 1986 年的30 年内水位下降了 3.16m。原有 70 多条补给水源的河流，现在仅幸存 40 多条，水量比从前减少了近 60％，湖泊最深处水位已经由 20 世纪初期的 37.5m 下降至现在的 25m。青海湖流域土地沙化和草场退化非常严重，整体景观正在由草地景观向荒漠化景观演变。同时，湿地退化也给青海湖流域的生物多样性带来严重威胁，使得物种不断减少。云贵高原上著名的滇池一直处于严重的有机污染状态，滇池的草海和外海局部水域在 1988 ～1990年连续 3 年有“水华”出现，藻类生长旺盛，进入 20 世纪 90 年代后，虽然国家已经将滇池列为国家重点治理的湖泊之一，并投入巨款进行了大力度的整治，但目前的污染状况仍很严重，没有得到有效的控制。