蒙新高原湖泊湿地水质咸化趋势明显。博斯腾湖曾经是蒙新高原上面积最大的淡水湖，被誉为新疆大地上的“明珠” ，但湖水的矿化度不断增加，由 1956 年的 0.38g/L 增至 1988 年的 1.87g/L，由新疆最大的淡水湖变为微咸水湖。艾丁湖的湖水含盐量在 80 年代中后期也增至 200g/L。同时，高原上的湖泊湿地沙化和荒漠化现象也日益加重。由于湖泊萎缩，湖周地下水位下降，固沙植物大量死亡。湿地萎缩，开敞水面减少，湖区小气候变干，这也助长了风蚀和风积作用的嚣张气焰，使得土壤沙漠化肆无忌惮地向周围扩展和外侵。艾比湖周围的沙化面积在 1958 年时为 1618.8km²，到 1978 年增至2415.6km²；固定沙丘一旦复活开始流动，流沙会掩埋大片农田和许多村庄，给湖区人们的生存带来严重的威胁。

若尔盖高原湿地是青藏高原湿地的重要组成部分，自 60 年代开始，该区沼泽湿地开始出现退化迹象，目前沙化、旱化现象已日渐加重。若尔盖高原湿地因过度放牧、开沟排水导致湿地发生大面积的沙化。20 世纪 70 年代初，沙丘仅有 1130hm²，而目前该区沙化总面积达到 4091hm²，潜在沙化面积12 023hm²，现在沙漠化土地仍以每年 2.32％的速度递增，有的沙丘已经开始侵入典型湿地。 在重沼泽区，土地沙化现象是一种令人警惕的环境信号。新沙丘在谢莫拉耶、黑河牧场、辖曼和黄河岸边都有成片分布。在瓦切乡，谢莫拉耶一带的沙化现象相当严重，出现了垄状沙岗，长 10 ～50m不等，顺风向排列，而在其上方则形成深1 ～ 2m 的椭圆形风蚀洼地，垄状沙丘和风蚀洼地连续分布 800 多米，沙丘高达 10m，而且还在逐年扩大。辖曼一带的沙丘局部埋没了宽谷中的草场，甚至阻断了公路，沙丘上生长耐干旱多刺的沙生植物，与沼泽景观极不协调。沙丘呈棕黄色，属于中－粗沙，经专家研究发现，其岩性与宽谷埋藏沙相同，证实这是曾被固定的沙丘目前又已复活，并开始侵入谷中沼泽湿地。由于该区沙源丰富，且夏季风力很大，所以存在着进一步沙化的危险。位于若尔盖高原西北部的玛曲县在20世纪50年代没有土地沙漠化现象发生，到60年代开始出现零星沙漠化土地和小沙丘。1980 ～ 1985 年期间沙漠化面积达1440hm²；到1994年沙漠化土地增至4798hm²，其中流动沙丘为 1744hm²，固定沙地3054hm²；至1999年全县沙漠化土地总面积已达 6080hm²，其中流动沙丘为 2020hm²，占33.2％；固定沙地4060hm²，占66.8％。沙漠化土地占全县总土地面积的0.6％。该县有沙漠化土地分布的黄河河段长达119km，占县境内黄河总长（433km）的27％。

江河源区是我国荒漠化较为严重的地区之一。黄河源区的沙漠化速度急剧增长，60 年代荒漠化面积扩展速度最初为 3.9％～ 6.9％，到目前已经增至 20.0％。当前黄河源区的沙漠化土地约有 12.67 万 hm²，其中流动沙丘面积约 10.07万 hm²，半固定沙丘2.59万 hm²，主要分布于玛多县和玛沁县境内的黄河两侧阶地上。其中，在玛多县绵沙岭、岗纳措一带沙土面积为13.8万 hm²，玛多县斗格滩有东西长30km、南北宽15km的沙地，面积4.5 万 hm²。沙漠化使大面积的草原被沙丘覆盖，土地资源遭受严重破坏，近二三十年里，玛多县因大片草原被沙漠吞噬，导致全县约30％～40％的牧民背井离乡，流离失所。20 世纪 70 年代以来，江河源区荒漠化速度加剧，80 年代以后显著增长，年递增 63.41 ～ 472.26km²；90 年代变化更加剧烈，比70～80年代增加了6～12倍，长江源区荒漠化的年平均扩展速度为2.2％。长江源区现有沙漠化土地面积195.08万 hm²，其中流动沙丘面积为62.31万 hm²，占到沙漠化土地面积的24.85％～40.47％，主要分布于治多、曲玛莱、称多和杂多县境内的楚玛尔河、通天河阶地和沿河滩地。青海湖流域由于水位下降，湖面萎缩，裸露的松散砂砾为湖周土地沙化提供了充足的沙源；人类不合理地开垦湿地、草地，降低了土地覆盖度，导致湖周土地沙化面积每年以 3.8km²的速度向外扩展。青海湖四周土地沙化面积在 50 年代为 50.6％，到 80 年代则增至 67.04％，沙化面积目前已达 765km²，与 1956 年相比，1986 年沙化面积扩大了近304km²，以每年10.12km²的速度扩展。湖西北部分地带已被沙丘包围，鸟岛周围已是黄沙漫漫。20 多年前，鸟岛曾是湖中的一个岛屿，在20 世纪 70 年代中后期演化为三面临水的半岛，目前已经脱离青海湖成为一个陆地岛。青海湖环湖地区向荒漠化方向演替明显，环湖地区内沙漠化面积已经达到 4.3 万 hm²，天然灌木林也有原来的 34 万亩锐减为现在的 14 万亩，草地退化面积高达 1035 万亩，其中 286 万亩毒杂草蔓延，864 万亩鼠类猖獗，破坏严重，部分草地演变为“黑土滩” 。中国科学院的专家认为如果湖区生态环境继续恶化，湖区的沙漠化面积在未来 40 年将达到 1300km²，青海湖的面积也急剧减少，鸟岛将仅存留历史长河和人们脑海中记忆的滩头。