根据省政府办公厅下发的全省湿地公园保护计划，菏泽市共有20处湿地列入省级重点湿地保护工程，今后将采取抢救性保护、修复与治理、污染控制等人工适度干预措施进行重点保护。

这20处湿地包括10处湿地公园和10处人工湿地水质净化工程。

10处湿地公园包括：黄河湿地自然保护区、万福河省级湿地公园、鄄城雷泽湖湿地公园、东明黄河国家湿地公园、庄子湖省级湿地公园、单县黄河故道湿地自然保护区、浮龙湖国家湿地公园、东舜河省级湿地公园、曹县黄河故道国家湿地公园、定陶县菏曹运河湿地公园。

10处人工湿地水质净化工程包括：牡丹区赵王河、安兴河、沙土镇生态湿地，定陶县新河湿地，单县东沟河湿地，成武县文亭湖北区，巨野县老洙水河湿地，郓城县宋金河湿地，东明县五里河湿地，曹县四季河湿地。

根据保护计划，菏泽市将实行多元投入，建立湿地生态补偿制度。把湿地保护管理、湿地生态效益补偿等所需资金列入财政预算，建立政府主导和社会参与的多元化投入机制。综合运用财政、税收和市场手段，协调湿地生态系统利益关系，形成奖优罚劣的湿地生态效益补偿机制。